微生物資源研究室主要開展農業微生物特色菌種資源挖掘及其利用研究，新技術、新產品開發與推廣應用。開展動物腸道微生物、食用微生物等農業微生物的研究。
主要研究領域：
不同農業微生物特色菌種資源的收集、整理、鑒定與保藏；農業微生物菌種資源功能挖掘與評價及其作用機理研究；優勢微生物菌種的遺傳改造；優勢農業微生物菌種資源高效利用新技術新產品開發及其應用推廣；利用微生物對工農業廢棄進行資源化利用開發。