近日，水稻所遺傳資源研究團隊在國際學術期刊Rice（中科院一區，IF: 5.638）發表題為“Genetic diversity and breeding signatures for regionalindicarice improvement in Guangdong of southern China”的研究論文。該研究分析了廣東秈稻農家品種和育成品種改良曆程中的遺傳多樣性並鑒定了潛在受育種人工選擇的產量、抽穗期、品質等性狀的關鍵基因，為利用種質資源的分子設計育種體係構建和廣東秈稻育種實踐提供理論支持。於航博士為論文第一作者，李晨研究員為通訊作者。

廣東是水稻“綠色革命”的先行地，在半矮稈秈稻品種改良和推廣中，積累了豐富的水稻農家品種和育成品種種質資源，利用和開發這些資源是實現水稻產業下一次突破的關鍵。該研究利用廣東秈稻核心種質開展基因組多樣性和基因發掘工作，在517份稻種資源中鑒定得到4個亞群，包括3個廣東秈稻亞群（2個農家品種和1個育成品種亞群），其中農家種亞群Ind IV為本研究新鑒定；研究發現，廣東育成品種中基因組的潛在有害變異得到清除，尤其產量相關基因的有害變異減少明顯，通過XP-CLR（跨群體複合似然比檢驗）和GWAS（全基因組關聯分析）鑒定和注釋了廣東秈稻育成品種中受育種人工選擇的基因組區段，且發現了在當代育成品種中固定的優勢等位基因。

該論文得到廣東省重點領域研發計劃、廣東省種業振興項目、廣東省自然科學基金、廣州市自然科學基金、廣東省農科院協同創新中心等項目支持。

廣東秈稻核心種質的群體結構和遺傳多樣性

（A）廣東秈稻核心種質PCA分析，（B）廣東秈稻亞群間LD衰減（linkage disequilibrium decay）比較，（C）廣東秈稻亞群間遺傳多樣性（pi和Tajima’s D）和遺傳分化（fst）分析，（D）廣東秈稻亞群和普通野生稻係統發育分析推斷亞群的演化關係。

原文鏈接：https://thericejournal.springeropen.com/articles/10.1186/s12284-023-00642-3