水稻所生信育種團隊聯合中國林科院、四川大學在國際知名學術期刊Nucleic Acids Research (2023 IF=14.9，5 YEAR IMPACT FACTOR：16.4)在線發表研究論文“PRMD: an integrated database for plant RNA modifications”。水稻所為第一完成單位，水稻所劉琦研究員為第一通訊，四川大學曹毅教授和中國林科院丁昌俊副研究員為共同通訊，四川大學郎小強博士、餘春燕博士與水稻所沈夢圓博士為論文共同第一作者。

近年來，模式植物係統中RNA修飾的範圍和功能已成為研究的熱點，然而，目前缺乏一個數據庫平台能夠對植物RNA修飾及其相關調控數據進行全麵挖掘、注釋和可視化。

項目團隊通過收集、整理和分析20種植物物種RNA大數據，開發了植物RNA修飾綜合數據庫(PRMD：http://bioinformatics.sc.cn/PRMD)，該數據庫不僅提供了一種直觀顯示信息的屆麵，還提供了RMlevelDiff、RMplantVar、RNAmodNet和Blast等多種可視化和功能分析工具，並且通過mRNAbrowse、RNAlollipop、JBrowse和Integrative Genomics Viewer (IGV)等可視化屆麵能清晰顯示相關的分析和統計結果。同時，項目團隊利用數據庫對水稻馴化中RNA的修飾作用進行了深入探討。PRMD對用戶完全免費開放，後續版本中將進一步添加和完善不同植物物種的不同種類RNA修飾數據。

PRMD 數據庫流程圖

該研究得到了必威betways 生物育種中心協同創新項目、國家自然科學基金以及林木遺傳育種國家重點研發項目等項目的資助。

原文鏈接：https://doi.org/10.1093/nar/gkad851