1月26日，水稻所分子育種團隊在基因組學研究權威雜誌Genome Biology（IF：17.9，中科院大區生物學一區）在線發表了題為 “A pangenome analysis pipeline provides insights into functional gene identification in rice” 的研究論文。水稻所為論文第一單位；水稻所王健博士為第一作者、楊武副研究員為共同第一作者、胡海飛博士和趙均良副研究員為通訊作者，澳大利亞莫道克大學李承道教授、西澳大學David Edwards教授為共同通訊作者。

　　使用單一參考基因組常會導致基因組分析出現嚴重的偏差，並導致大量群體尺度的遺傳變異信息丟失等嚴重問題。泛基因組是解決此問題的有效方法。然而，目前線性泛基因組技術無法保存基因組結構變異的位置信息，嚴重製約了線性化泛基因組在基因組結構變異分析中的應用。

　　本研究創新性地提出一種可保留結構變異坐標信息的線性化泛基因組構建策略，開發出一套完整的泛基因組構建及下遊分析流程（PSVCP)，突破了線性化泛基因組的技術瓶頸，為不同物種的泛基因組研究提供了全新的技術體係。本研究進一步利用PSVCP構建了新的水稻泛基因組，以此對國際稻種資源進行基因組分析，鑒定到大量常規SNP無法鑒定到的水稻群體結構、基因組演化及遺傳信息，為推動水稻優異基因的高效挖掘與利用提供了技術支撐。

　　本研究得到廣東省科技計劃國際合作項目、廣東省農業種業共性關鍵技術創新團隊項目，廣東農科院“金穎之星”項目，廣東農科院水稻所“優穀”計劃等項目資助。

　　圖1 PSVCP構建泛基因組及結構變異分析流程示意圖

　　圖2 基於國際多樣性水稻資源構建的水稻泛基因組特征及結構變異分布