近日，水稻所在國際學術期刊Theoretical and applied genetics（一區，IF=5.2）上發表題為“Genome-wide association mapping combined with gene-based haplotype analysis identify a novel gene for shoot length in rice (Oryza sativaL.)”的研究論文。水稻所楊梯豐研究員為論文第一作者、董景芳博士為論文共同第一作者，張少紅研究員為通訊作者。

　　秧苗活力強是直播水稻品種的一個重要育種目標。苗高是與秧苗活力相關的重要性狀之一，因此，挖掘水稻苗高基因並進行分子育種有助於培育適宜直播的品種。然而，迄今為止，精細定位和克隆的苗高QTL很少。

　　本研究利用391個水稻品係（來源於國際水稻多樣性平台2）獲得的苗高表型進行了全基因組關聯分析，共鑒定出24個苗高的QTL。其中位於 1 號染色體上的新苗高QTL qSL-1f 可在全群體和秈稻亞群體中穩定檢測到（圖1）。通過基於基因為基礎的單倍型分析，然後結合基因表達分析和基因敲除實驗進行驗證，確定LOC_Os01g68500為苗高QTL qSL-1f的功能基因（圖2），其CDS區域存在單堿基變異，導致水稻苗高的顯著差異。LOC_Os01g68500編碼一個含有DUF538的蛋白。本研究首次報道了DUF538蛋白基因調控水稻苗高的功能，並為開展直播水稻的分子育種提供了新的基因資源。

　　本研究得到了國家自然科學基金(32072047)，廣州市科技計劃重點項目 (201804020078)，廣東省基礎與應用基礎研究基金(2022A1515012135)，廣東省鄉村振興戰略專項資金種業振興項目(2022-NJS-00-004, 2022-NPY-00-005) 等的資助。

　　原文鏈接：https://link.springer.com/article/10.1007/s00122-023-04497-6

圖1 苗高的全基因組關聯分析

圖2 LOC_Os01g68500突變體的苗高表型