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蔬菜所在節瓜基因組組裝和強雌性狀基因挖掘方麵取得新進展

時間:2024-06-25 10:11 來源:蔬菜所 【字體:

  近日,蔬菜所瓜類研究一室在園藝領域期刊Horticulture Research(中科院一區,IF=7.6)上發表題為“Chromosome-level genome assembly and population genomics reveals crucial selection for subgynoecy development in chieh-qua”的研究論文。蔬菜所王敏副研究員為論文第一作者,蔬菜所楊鬆光副研究員、彭慶務研究員和中國水稻研究所魯宏偉副研究員為論文共同通訊作者。

  節瓜屬葫蘆科冬瓜屬冬瓜種,是華南特色蔬菜作物,其營養豐富,風味獨特,具有清熱、解暑等功效,是重要的功能保健型蔬菜,已成為我國內銷和出口的名優特產蔬菜。節瓜以幼嫩果實為主要商品器官,是雌雄異花植物,具有豐富的性別類型。強雌株可以將雌花節率(一般在80%以上)提高到合適比例,除了主蔓底部幾節雄花外,後續連續出現的均是雌花,避免畸形瓜等現象,顯著提高了節瓜的商品價值。因此,強雌性對與節瓜提早上市、延長采收期、提高種子純度具有重要意義。

  本研究團隊利用三代Nanopore sequence、Hi–C和BUSCO技術,組裝了高質量的節瓜A36基因組,掛載於12條染色體,基因組全長952.5 Mb,Contig N50為6.9 Mb,Scaffold N50為68.2 Mb,基因組的完整性為96.1%。利用重測序的129份不同節瓜資源的自然群體,開展了強雌性狀的GWAS分析,其中CqSg8.1位點位於8號染色體231.6 kb範圍內,區間內的BhiCQ0880026447是強雌性狀的關鍵候選基因。本研究為深入研究該基因調控節瓜強雌性狀的分子機製,豐富葫蘆科性型調控理論奠定了很好的基礎。

  本研究得到了國家自然科學基金項目,院科技創新戰略專項資金(高水平農科院建設)項目,院農業優勢產業學科團隊建設項目的資助。

  原文鏈接:https://doi.org/10.1093/hr/uhae113

圖片1.png

節瓜A36基因組組裝

圖片2.png

部分重測序節瓜種質資源

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